明世宗嘉靖三十年（1551年），李時珍33歲時，因治好了富順王朱厚焜兒子的病而醫名大顯，被武昌的楚王朱英襝聘為府的“奉祠正”，兼管良醫所事務。明嘉靖三十五年（1556年）李時珍又被推薦到太醫院工作。授“太醫院判”職務。三年后，又被推薦上京任太醫院判。任職一年，便辭職回鄉。關于李時珍這一段在太醫院工作的經歷，史學界有諸多爭論，有人認為李時珍曾出任太醫院院判（正六品），但也有人認為他只是擔當御醫（正八品）。無論其職位高低，李時珍被薦于朝是不可否認的事實。太醫院的工作經歷，有可能給他的一生帶來了重大影響，為編寫《本草綱目》打下基礎。這期間，李時珍積極地從事藥研究工作，經常出入于太醫院的藥及御藥庫，認真仔細地比較、鑒別各地的藥材，搜集了大量的資料，同時還有機會飽覽了府和皇家珍藏的豐富典籍，包括《本草品匯精要》。與此同時從宮廷中獲得了當時有關民間的大量本草相關信息，并看到了許多平時難以見到的物標本，開闊了眼界，豐富知識。