EDI在運行中，如果將較差的給水引進膜塊，或者電源不足，就會增加維修工作量。給水中主要引起污染的是有機物、硬度和鐵。給水硬度較高將引起離子交換膜濃水側結垢，而使產水水質降低。給水硬度、溶解的 CO2 和高 PH 值會加速結垢，可以用適當的酸液清洗污垢。

清洗過程請參考EDI手冊。

給水中的有機物污染，會在離子交換樹脂和離子交換膜表面形成薄膜，因而將嚴重影響離子遷移速率，因此影響產水水質。當發生此現象時，淡水室需用適當的清洗劑清洗。有機物清洗過程請參考附錄。如果 EDI 膜塊在無電或給電不足的情況下運行，淡水室內離子交換樹脂處于離子飽和狀態，產水的水質會降低。為了再生離子交換樹脂，將水流通過膜塊，并慢慢增加電源供電電壓，使被吸附的離子遷移出系統從而對樹脂進行再生。樹脂再生時，膜塊應在較高電流和較低水流量的條件下運行。

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