咸鴨蛋雖說不容易腐壞，但在儲存時也要特別注意防止蛋內失水。咸鴨蛋要是失水，蛋清便會變黑，咸度增加。
對用不一樣的腌制方式加工的咸鴨蛋，應采用不一樣的方式儲存：
1.用鹽水腌制的咸蛋，不適合長時間浸泡，應取出來放到塑料袋內，置陰涼的地方。

2.包泥腌制的咸蛋，應始終保持泥皮濕潤，并置于陰涼的地方。