UASB厭氧反應器啟動分為初次啟動和二次啟動。初次啟動指用顆粒污泥以外的其它污泥作為種泥啟動的一個UASB厭氧反應器的啟動過程。二次啟動是指使用顆粒污泥作為種泥對UASB厭氧反應器的啟動過程。

厭氧反應器的進水需嚴格控制，通過馴化我們可以處理一些難處理的污污水，例如提取的洗柱水，但在整個厭氧反應系統的啟動期間，此類水不能進入，否則將大大延長啟動時間。在啟動過程中我們也應及時了解生產情況，對啟動期間的厭氧反應器進水作出相應的選擇。

厭氧反應塔啟動期間需定期從顆粒污泥取樣口提取污泥樣品，觀察顆粒污泥的生長情況，結合進出水COD值對厭氧反應器的啟動情況做出判斷。

厭氧反應器內的顆粒污泥其實是一個完美的微生物水處理系統。這些微生物在厭氧環境中將難降解的有機物轉化為甲烷、二氧化碳等氣體與水系統分離并實現菌體增殖，通過這種方式污水得到凈化

UASB反應器在運行過程中由于進水負荷、水溫、有毒物質進入等原因變化而導致揮發性脂肪酸在厭氧反應器內積累，從而出現產氣量減小、出水COD值增加、出水pH值降低的現象，稱之為“酸化”。