生物菌肥與有機肥配合使用效果好，有機肥提供有機質，生物肥提供有益微生物，另外有機質是微生物的食物，土壤中有機質越多微生物才能活的好！ 有機物為有益微生物提供大量食物，有益微生物促進有機肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促進，取長補短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透氣性、保水性，增強根系的吸收能力，提高肥料利用率，從而降低化肥的施用量。在用清水澆灌作物的同時，要在作物根部周圍的土壤中施肥。該方法的缺點是浪費嚴重，容易丟失，不能深入作物根系深處。它的優勢在于使用簡單，節省人力和時間，而且無需大量的勞動。肥源充足、種植面積大、勞資矛盾突出的地區可采用。在莊稼和行間挖深坑，施肥并覆蓋土壤。此方法減少了化肥的浪費，而且是最經濟的，但卻增加了勞動強度，而且操作也不方便。