環境污染治理設施運營資質分為生活污水、工業廢水、除塵脫硫脫硝、工業廢氣、工業固體廢物（不含危險廢物）、有機廢物、生活垃圾、自動連續監測等類別。
自動連續監測設施運營資質分為乙級資質和臨時資質兩個級別，其他環境污染治理設施運營資質分為資質、乙級資質和臨時資質三個級別。
第五條 【監督管理】 環境保護主管部門對環境污染治理設施運營實施統一監督管理，并對省級環境保護主管部門的環境污染治理設施運營管理活動進行和監督。
縣級以上地方環境保護主管部門對環境污染治理設施運營資質持證單位（以下簡稱持證單位）及其運營活動實施監督管理。
第六條 【運營培訓】 從事環境污染治理設施運營的現場管理人員和現場操作人員，應當按照環境保護主管部門的規定，參加的培訓與考核。
環境保護主管部門制定統一的環境污染治理設施運營現場管理人員和現場操作人員培訓、考核規范。省級環境保護主管部門負責組織環境污染治理設施運營現場管理人員和現場操作人員的培訓、考核
運營管理
第十七條【運營要求】 持證單位可以按照環境污染治理設施運營資質證書規定的類別，在全國范圍內承接環境污染治理設施運營業務。
第十八條【技術評估】 持證單位接受環境污染治理設施委托運營前，應當對該設施是否具備穩定運行和達標排放的必要條件進行技術評估，并以此作為簽訂委托服務合同的依據。
第十九條【委托運營合同】 持證單位從事環境污染治理設施運營活動，應當與委托單位簽訂委托運營合同，明確雙方的權利和義務。
持證單位應當在委托運營合同簽訂后30日內，填寫環境污染治理設施委托運營項目備案表，報設施所在地縣級環境保護主管部門備案。
第二十條【對持證單位要求】 持證單位應當依照委托運營合同的約定和國家有關環境保護的規定，保證環境污染治理設施正常運行，確保排放的污染物符合國家和地方規定的污染物排放標準，防止產生環境污染。
第二十一條【年度評估】 持證單位應當在每年12月31日前對所運營的環境污染治理設施運行狀況、設施完好情況、污染物排放達標情況、二次污染防治情況、設施運行中存在的問題及其整改方案等進行年度評估，并填寫環境污染治理設施運營情況年度報告表。
第二十二條【運行考核】 省級環境保護主管部門負責對在本行政區域內登記的持證單位及其運行的環境污染治理設施項目情況進行年度管理考核。

【資質效力】 環境污染治理設施運營資質、乙級資質和臨時資質全國通用。各地不得在環境保護主管部門規定的條件之外，以任何名義設置資質審批前置條件，也不得在審批過程中收取任何費用。
集團公司和具備立法人的分公司，應當依照本辦法的規定，分別申請環境污染治理設施運營資質。
環境污染治理設施所在地環境保護主管部門不得要求持證單位及其非立法人的分公司重復申領運營資質證書或者申請其他類似的運營許可。
環境污染治理設施運營資質不得轉讓。禁止、變造環境污染治理設施運營資質證書。

【資質有效期及其延續】 環境污染治理設施運營資質和乙級資質有效期為5年，臨時資質有效期為2年。
持證單位在環境污染治理設施運營資質或者乙級資質有效期內的各年度管理考核中，沒有違反法律法規或者違反本辦法規定的行為，可以在資質有效期滿前60日內，向原發證機關申請資質延續，換發證書。
環境污染治理設施運營臨時資質有效期滿后自動失效，不予延續。具備相應條件的，臨時資質持證單位可以按照本辦法第七條、第八條的規定，申請乙級資質或者資質。

【資質重新申請】 有下列情形之一的，持證單位應當按照本辦法規定的條件和程序,向原發證機關重新申請環境污染治理設施運營資質：
（一）增加新的運營類別的；
（二）臨時資質升級為資質或者乙級資質的；
（三）乙級資質升級為資質的；
（四）資質有效期滿而未獲延續的。
環境污染治理設施運營臨時資質有效期滿，不符合升級為資質或者乙級資質條件的，2年內不得重新申請同類別的臨時資質。
《環境污染治理設施運營資質許可管理辦法》(以下簡稱《辦法》)仍然堅持施行環境污染治理設施運營資質統一監督管理原則。環境保護行政主管部門監督管理資質的審批，制定運營資質分類分級條件，統一現場管理和操作人員崗位培訓及考試要求，統一資質證書和崗位培訓證書的樣式等。但對資質審批權限做較大調整，省級環境保護行政主管部門負責本行政區域內資質的初審，簽署初審意見；負責乙級、臨時資質的審批。環境保護行政主管部門負責資質的審批。