【資質審批程序】 環境保護主管部門負責環境污染治理設施運營資質的審批。
省級環境保護主管部門應當自受理環境污染治理設施運營資質申請材料之日起20個工作日內進行審查，簽署意見，報環境保護主管部門審批。
環境保護主管部門應當自收到申請材料和省級環境保護主管部門簽署的意見之日起20個工作日內進行審查，作出審批決定，并通知省級環境保護主管部門。對符合條件的，予以批準，頒發資質證書，并予以公告；對不符合條件的，不予批準，并說明理由。
對申請環境污染治理設施運營資質的，環境保護主管部門應當按照嚴格控制的原則，從嚴審批。
第十條
【乙級、臨時資質審批程序】 省級環境保護主管部門負責環境污染治理設施運營乙級資質和臨時資質的審批。
省級環境保護主管部門應當自受理環境污染治理設施運營乙級資質或者臨時資質申請材料之日起20個工作日內進行審查，作出審批決定。對符合條件的，予以批準，頒發資質證書，并予以公告；不符合條件的，不予批準，并說明理由。
省級環境保護主管部門應當自批準頒發環境污染治理設施運營乙級或者臨時資質證書之日起30日內，將資質證書復印件報環境保護主管部門備案。
省級環境保護主管部門應當將環境污染治理設施運營資質許可工作經費納入財政預算。
【資質重新申請】 有下列情形之一的，持證單位應當按照本辦法規定的條件和程序,向原發證機關重新申請環境污染治理設施運營資質：
（一）增加新的運營類別的；
（二）臨時資質升級為資質或者乙級資質的；
（三）乙級資質升級為資質的；
（四）資質有效期滿而未獲延續的。
環境污染治理設施運營臨時資質有效期滿，不符合升級為資質或者乙級資質條件的，2年內不得重新申請同類別的臨時資質。

【資質效力】 環境污染治理設施運營資質、乙級資質和臨時資質全國通用。各地不得在環境保護主管部門規定的條件之外，以任何名義設置資質審批前置條件，也不得在審批過程中收取任何費用。
集團公司和具備立法人的分公司，應當依照本辦法的規定，分別申請環境污染治理設施運營資質。
環境污染治理設施所在地環境保護主管部門不得要求持證單位及其非立法人的分公司重復申領運營資質證書或者申請其他類似的運營許可。
環境污染治理設施運營資質不得轉讓。禁止、變造環境污染治理設施運營資質證書。

【資質有效期及其延續】 環境污染治理設施運營資質和乙級資質有效期為5年，臨時資質有效期為2年。
持證單位在環境污染治理設施運營資質或者乙級資質有效期內的各年度管理考核中，沒有違反法律法規或者違反本辦法規定的行為，可以在資質有效期滿前60日內，向原發證機關申請資質延續，換發證書。
環境污染治理設施運營臨時資質有效期滿后自動失效，不予延續。具備相應條件的，臨時資質持證單位可以按照本辦法第七條、第八條的規定，申請乙級資質或者資質。

【資質變更】 持證單位分立、合并，或者變更法人名稱、法定代表人、登記地址等事項的，應當在領取新營業執照或者新事業單位法人證書后30日內，向原發證機關申請辦理變更手續，填寫環境污染治理設施運營資質證書變更申請表，并提交下列材料：
（一）變更后工商行政管理部門頒發的營業執照復印件或者事業單位登記管理機關頒發的事業單位法人證書復印件；
（二）原發證機關頒發的環境污染治理設施運營資質證書正、副本；
（三）單位發生分立、合并的，還應當提供技術人員技術書復印件、現場操作人員崗位培訓證書復印件和聘用合同復印件。
【對持證單位的處罰】 有下列行為之一的，由縣級以上環境保護主管部門責令限期整改，處2萬元以上3萬元以下罰款：
（一）委托不具有運營資質的單位運行其環境污染治理設施的；
（二）未取得資質，擅自從事環境污染治理設施運營活動的；
（三）超出資質證書許可范圍從事環境污染治理設施運營活動的；
（四）持證單位擅自修改原始監測數據，提供虛假信息的；
（五）持證單位提交虛假環境污染治理設施運營情況年度報告表的；
（六）、變造、轉讓運營資質證書或在申請資質證書過程中弄虛作。
持證單位有前款第（三）、（四）、（五）、（六）項規定的行為且情節嚴重的，或者有偷排、不正常運營污染治理設施等嚴重環境違法行為的，發證機關應當收回其環境污染治理設施運營資質證書。
依照本辦法規定被收回環境污染治理設施運營資質證書的單位，3年內不得重新申請。