矮叢藍莓根系的主要部分是根狀莖。據估計，矮叢藍莓大約85%的莖組織為根狀莖。不定芽在根狀莖上萌發，并形成枝條。根狀莖一般為單軸形式，直徑3～6mm。根狀莖分枝頻繁，在地表下6～25mm深的土層內形成緊密(穿插)的網狀結構。新發生的根狀莖一般為粉紅色，而老根狀莖為暗棕色并且木栓化。矮叢藍莓的根系分布在上層中的質層。