對于施灸的先后順序古人有明確的論述，如《備急千金要方·灸例第六》說：“凡灸，當先陽后陰……先上后下。”《明堂灸經》也指出：“先灸上，后灸下；先灸少，后灸多。”就是說應先灸陽經，后灸陰經；先灸上部，再灸下部；就壯數而言，先灸少而后灸多；就大小而言，先灸艾炷小者而后灸大者。上述施灸的順序是指一般的規律，不能拘泥不變。如脫肛的灸治，則應先灸長強以收肛，后灸百會以舉陷，便是先灸下而后灸上。此外，施灸應注意在通風環境中進行。

施灸配穴的原則
凡灸上部以后，多在下部配穴灸之，以引熱力下行。凡是全身性和內臟疾患，或做健身灸，都是雙側取穴。局部病變或一側肢體的病變，只取一側的穴位。凡初次施灸，必須注意掌握量，一般原則是：其壯數先少后多，其艾炷先小后大，逐漸增加，不可突然大劑量施灸。

灸法與消毒
在施灸時，無論采用哪種灸法，都必須防止艾炷滾翻，艾火脫落，引起。對于局部感覺遲鈍或知覺消失的患者，應防止過熱；防止后起皰化膿，遺留瘢痕，尤其在顏面部施灸時應特別注意。施灸后皮膚處出現紅暈是正常現象。若艾火熱力過強，施灸過重，皮膚發生水皰時應予以適當處理。如水皰不大，只要注意不被擦破，幾日后即可吸收而愈；水皰較大者，可用無菌針沿皮穿刺，放出水液，外用無菌敷料保護，數日內即可痊愈。在皮膚上施灸，一般對消毒要求不太嚴格，不過直接灸時，應用75%乙醇棉球消毒，擦拭干凈，面積要大些，防止灸后皮膚破潰，繼發感染。至于灸的原料，則不需要消毒，只需將艾絨曬干即可。

關于灸后注意問題
凡非化膿性灸，可以正常洗澡。如有灸瘡，擦澡時則應小心瘡面，不要過久浸泡，當心洗脫灸痂。注意食物忌生冷、辛辣之物，以減少返病現象。